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谷山麻衣は不思議な事や怖い事が好きな高校一年生。麻衣の学校の旧校舎は霊に祟られていると噂されていた。噂の真相を探るために霊能者たちが呼ばれ、麻衣はひょんなことから美形だが性格の悪いゴーストハンター・渋谷一也、通称ナルの助手を努めることになる。有名な霊媒である真砂子は｢霊はいない｣と言うが、麻衣の級友で霊感が強い黒田は、｢強い霊がいる｣と言い張り、霊が集まったのは麻衣たちが怪談をしていたせいだと非難するのだった。

旧校舎で除霊が始まった。トップバッターは巫女の綾子。しかし除霊は失敗し、無人の部屋で椅子が動いたり、天井が落ちるなどポルターガイスト現象が起きる。坊主の滝川は霊の仕業だと言うが、ナルは独自に調査した結果から｢原因は地盤沈下だ｣と断言する。そんな中、旧校舎が激しく揺れ、一同は危機一髪で脱出。ナルは自己嫌悪から行方をくらます。その後もポルターガイスト現象は止まず、麻衣は倒壊した靴箱の下敷きになってしまう。

行方不明だったナルが学校に戻り、ふたたび真相究明にのりだす。事件の関係者を一同に集めたり、麻衣やジョンに手伝わせ旧校舎に機材をもちこみ大掛かりな実験を試みたりするナル。麻衣はナルにこきつかわれながらも実験の意味がわからずやきもきする。地盤沈下だけでは説明がつかない数々の現象はやはり旧校舎の霊の仕業だったのか―。旧校舎での実験の結果からナルが導き出した驚くべき真相とは！？

SPRでバイトをすることになった麻衣。ある日、ポルターガイストに悩まされているという森下典子が調査の依頼にきた。さっそく森下家に機材を設置し調査にとりかかる麻衣とナル、リン。滝川と綾子も除霊のためやってくる。しかし調査を開始してすぐに数々のポルターガイストが森下家で発生する。そんな中、人形のミニーといつもいっしょにいる典子の姪の礼美の様子がおかしい。麻衣たちはミニーに何かあるとにらむ。

森下家を調査中の麻衣らSPRの面々は、礼美と人形のミニーが会話していることを知り、ポルターガイストの犯人がミニーだと確信する。ところが、その時からミニーの復讐が始まり、礼美はミニーに命を狙われるようになってしまう。調べたところ、以前からこの家の持ち主の子供が病気や事故で死んでいることが判明する。ミニーの正体はこの家の地縛霊に違いないと滝川が浄霊を行うが、そこで麻衣たちが見たものは！？

地縛霊の浄霊のなかで現れた黒い影。怪奇現象で居間の床に穴があき、そこに井戸を埋めた跡が見つかる。真砂子はここに女の霊がいると言い、何かをつかんだナルは出かけてしまう。残された麻衣は綾子の浄霊につきあうものの、霊にひきづりこまれ、井戸に落ちてしまう。そこで麻衣が見るものは・・・。そして霊たちの恐怖にさらされるなか、戻ってきたナルがとった行動とは！？古い洋館に隠されていた悲しい秘密がついに明らかになる・・・。

またまたSPRに奇妙な事件が持ち込まれた。タタリに幽霊に超能力……すべて湯浅高校で起きている怪現象だ。問題の湯浅高校へ調査に訪れた麻衣たちSPRのメンバーは、超能力でスプーンを曲げた笠井千秋という生徒が全校生徒の前で吊るし上げにあっていたことを知る。その時、笠井は｢呪い殺してやる｣と捨てゼリフを吐いたと言う。おかしな事件が起こりだしたのはそれからだと聞いた麻衣たちは、笠井に注目する。

笠井千秋を吊るし上げた張本人である教師の吉野が事故で入院した。学校中の生徒が笠井の呪いのせいだと大騒ぎになるが、麻衣には笠井が犯人とは思えなかった。一方、滝川達の除霊にも関わらず怪奇現象がエスカレートする中、一連の事件は厭魅という呪詛ではないかと疑うナル。推測通り、事件に関係のある場所からは呪詛で使われるヒトガタが見つかった。後は犯人を見つければ事件は解決と思った矢先、真砂子が何者かに襲われる…

真砂子が呪詛の標的にされ、いよいよ麻衣達にも危険が迫ってきた。一方、ヒトガタは、笠井千秋の超能力を否定した生徒がいた場所から見つかる。犯人が笠井を信じない生徒達を狙ったのは明らかだ。とすると、やはり犯人は笠井なのか？ しかし、ただ一人、産砂先生だけは笠井を庇い続けるのだった。そんな中、ついに麻衣にも呪詛が……！ 悪霊に狙われた麻衣は、助けにきたナルもろともマンホールに引きずりこまれ……

ナルはヒトガタの処分方法を示したものの、倒れてしまい病院に運ばれる。麻衣は自分のせいでナルがケガをしたと思い心が晴れない。一方、ナルの言うとおりヒトガタを処分した滝川達は病室のナルを訪ねる。あとは犯人を捜すだけという滝川に対して、ナルは犯人の想像はついており、犯人には自分が会って話をつけると言う。果たして、湯浅高校に潜む呪者は一体誰なのか……！？

ある公園で、突然、水が降ってくるというカップルだけを狙った奇妙な怪事件が起きていた。この事件の調査を真砂子に依頼されたナルは渋々引き受けることに。麻衣は、ナルが興味のない事件を引き受けたことから真砂子との仲を怪しむのだった。事件の真相を調べるため公園に向かった一同はカップルとなっておとり作戦を実行。強引にナルとカップルになった真砂子にやきもきする麻衣だが、そんな中、麻衣の頭上に水が降り……

クリスマス・イブの日。ジョンの依頼で麻衣たちは教会を訪れる。事情があって家にいることのできない子供を預かっているその教会では時折、むかし行方不明になった少年・ケンジの霊に子供たちが憑衣されるという。その日もタナットという男の子がケンジの霊に憑依され朝からいなくなっていた。早速、タナットを探し始める麻衣たち。無事、タナットは見つかったものの、霊に憑依されたままのタナットにリンは懐かれてしまい・・・！？

ケンジの霊に憑依された麻衣はリンにまとわりつくようになる。リンはケンジの父親に似ているのだ。リンは迷惑この上ないが、無愛想なリンが振り回されている光景に滝川や綾子は笑いが止まらない。しかしたまりかねたリンが冷たく突き放すと、ケンジの霊はひどく傷つき、麻衣に憑依したまま姿を消してしまう。憑依をするケンジの霊の切ない願いとは・・・。そしてナルたちは麻衣を探すなかで事件解決の手がかりを見つける。

｢ぼくは犬じゃない｣という遺書を残して坂内という生徒が自殺してから、おかしな事件が起こるようになった緑陵高校。調査に訪れた麻衣たちは早速、黒い犬の霊に出くわす。生徒会長の安原が調査を手伝ってくれることになったが、松山ら教師たちの管理体質と、幽霊や迷信を頭ごなしに否定し小バカにする態度に反感を覚える麻衣。そんな中、｢ヲリキリ様｣と呼ばれるコックリさんが学校中で大流行していることが分かり……

真砂子にもはっきり霊が見えず除霊が出来ない中、火事が起こる。松山は、｢霊なんて元々いない。金儲けが目的だろう｣と麻衣たちを非難し、坂内と同じように悲惨な末路を辿るだろうと言う。その言葉に怒りを覚える麻衣。そこへ黒い犬の霊が再び姿を現す。犬は霊が共食いを繰り返し、一回り大きくなっていた。その異様な姿にさすがの松山も恐怖する。そんな中、ヲリキリ様は坂内のいた美術部から流行り始めたことが判明するが……

麻衣も凶悪な霊に襲われ、事態は悪化の一途を辿るばかり。オカルト嫌いの松山や校長は｢中途半端に手を出したせいだ｣と麻衣たちを非難する。そんな中、麻衣の夢をきっかけにナルは緑陵高校の一連の事件が霊を使った蠱毒だ、と事件の真相を見抜く。蠱毒は呪詛の一種で、ヲリキリ様の紙が呪符として使われていたことが判明。呪符に名前を書かれた人物は蠱毒が完成すると死ぬという。その人物の名前とは……

事件の真相は蠱毒という霊を使った呪殺だった。呪殺の対象は教師の松山。自業自得だと思う麻衣。安原も坂内の遺書を引き合いに松山を非難する。一方、ナルは事件を解決するため蠱毒を呪者に返す呪詛返しを行うと言う。呪者とは何も知らずに呪殺に手を貸していた生徒たち…。しかし、呪詛が返ったら生徒たちの命は……考え直すようナルに迫る麻衣。が、ナルの決心は変わらず、麻衣は｢ナルなんか大嫌い｣と言ってしまう……

ナルの師匠の森まどかから、ある屋敷で起きた行方不明事件の調査を依頼されたSPRは、美山邸を訪れる。増改築を繰り返し、迷路のような作りの美山邸には多くの霊能者たちが集められていた。中でも心霊研究の権威、オリヴァー・デイヴィス博士に一同は驚くやら感激するやら。一方、派手なことが嫌いなナルは安原を影武者にするのだった。そして、麻衣たちは早速、降霊会で行方不明になった霊を呼び出すが……

霊能者の一人が行方不明に。麻衣たちは美山邸の調査中、病院のものらしきコートと意味不明なメッセージが残されたお札を発見する。そしてまどかの調査で美山邸の不穏な過去が明らかになる中、さらに行方不明者が発生。しかし捜査の協力を依頼されたデイヴィスはなぜかその依頼を断る。麻衣たちはさらに調査を進め、浦戸という人物の自画像を発見。コート、お札、自画像、これらの意味するものとは！？そして麻衣は恐ろしい夢を見る…。

血まみれの部屋で殺される夢を見た麻衣は恐怖に震える。ナルは美山邸の構造から邸内に『閉ざされた部屋』があることを発見。また安原とまどかの調査で美山家の先々代、美山鉦幸と浦戸が同一人物であることが判明。そこから麻衣たちが導き出した恐るべき推理とは！？一方、行方不明者が『閉ざされた部屋』で死体となって見つかり、怯えたデイヴィスは偽者であることを告白し美山邸を出て行ってしまう。

恐るべき浦戸の正体に、ナルは除霊はできないという。そして事件の本当の目的は達成されたとしてナルは撤収を指示。麻衣は納得できない。そんな中、真砂子が浦戸に囚われ行方不明になってしまう。麻衣は夢のなかで囚われている真砂子を見つけ、必ず助けると約束する。麻衣は真砂子救出のため一人で『閉ざされた部屋』に向かい血だらけの部屋のなかで真砂子を見つけるが、浦戸に見つかってしまい…！？

代替わりの時に必ず多くの人が死ぬという老舗料亭の吉見家で当主が死んだ。吉見家は悲劇を繰り返したくないとSPRに調査を依頼する。そして麻衣たちが調査のため吉見家を訪れた早々に事件が起きる。娘婿の栄次郎が霊に憑依され家族に襲い掛かったのだ。なんとか栄次郎をとり押さえたものの、綾子の除霊は失敗。栄次郎から抜け出た霊はナルに憑依してしまい…！？

ナルに憑依した霊の正体を探る中、入り江に立ちのぼる幻想的な白い光がモニターに映る。それは麻衣が夢でみたものだった。他にも麻衣が夢でみた神社、崖の下の霊の集う洞窟、駆け落ちの伝説がすべて存在―！これらの夢の意味するものとはいったい！？そんな中、吉見家では両手から血を流し倒れている靖高が発見され、克己と和歌子までが霊に憑依されていて…。

行方がわからなくなっていた奈央が死体となって洞窟で見つかった。真砂子が霊媒で奈央の霊を呼び出すが死因を聞き出せない。一方、霊に憑依された和泰は眠っているナルを襲うが、麻衣たちに阻止される。調査に合流した安原の報告でこの地に伝わる伝説や歴史が明らかになり、麻衣たちは真相に近づくが、凶暴になった死霊が麻衣たちを襲う！

次々と襲い掛かってくる死霊に麻衣たちは絶体絶命になるが、滝川の活躍でなんとか一命をとりとめる。真砂子の霊視により吉見家の人たちに憑いていたのは使役霊と判明、綾子の浄霊が成功し吉見家周辺の霊は浄化されるが、綾子は｢霊ではない、もっと大きな力がある｣という。綾子の浄霊によりナルに憑いていた霊も浄化。目を覚ましたナルによってすべてが明らかとなる。そしてナルの反撃が始まる…。霊を使役する者の正体とは―！？